Nejvyšší správní soud (NSS) se ve svém rozsudku zabýval případem, kdy správce daně odmítl přiznat daňovému subjektu nárok na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění. Tvrdil totiž, že subjekt věděl nebo měl vědět, že se účastní řetězce transakcí, které jsou zatíženy podvodem na DPH.
V případu (5 Afs 252/2017) správce daně daňovému subjektu odepřel nárok na odpočet DPH na základě domněnky, že daňový subjekt nejednal dostatečně obezřetně a s péčí řádného hospodáře a nepřijal veškerá opatření, která po něm lze vyžadovat tak, aby svoji účast v podvodném řetězci eliminoval.
Daňový subjekt přitom projevil snahu své dodavatele vhodným způsobem prověřovat. Dodavatele ověřil v registru plátců DPH, pořizoval fotodokumentaci o dodávkách zboží, vyžadoval ke všem fakturám čestné prohlášení o původu zboží a způsobu přepravy, certifikáty od výrobce, prohlášení pro produkty se statusem preferenčního původu, prohlášení, že se jedná o polotovar a nikoliv o odpad či prohlášení, že se nejedná o zboží „kriminálního původu“ a nevázne na něm jiná zástava. Správce daně a krajský soud však došli k závěru, že výše uvedená opatření jsou nedostatečná a pokud by byla aplikována další, bylo by možné účast v podvodném řetězci odhalit.
NSS konstatoval, že v daném případě daňový subjekt daňovými doklady prokázal splnění materiálních podmínek pro nárok na odpočet, doložil, že nejde o fiktivní plnění, zboží bylo dodáno za obvyklou cenu, která byla uhrazena včetně daně, a zboží bylo následně prodáno dalším odběratelům. V tomto případě bylo tedy na správci daně, aby prokázal, že daňový subjekt nebyl v dobré víře a byl vědomě zapojen v řetězci transakcí, které byly vytvořeny pouze za účelem vylákání daňové výhody resp., že měl a mohl si být vědom toho, že se takového řetězce účastní.
Daňový subjekt je povinen prokazovat pouze uskutečnění zdanitelného plnění a splnění zákonných podmínek pro přiznání nároku na odpočet, případnou účast na daňovém podvodu prokazuje vždy správce daně. Soud rovněž opět potvrdil, že opatření k zajištění správného výběru daně a předcházení daňovým únikům nemohou být používána způsobem, který by systematicky zpochybňoval nárok na odpočet DPH.