Daň z nabytí nemovitých věcí, kterou je povinen odvést kupující, je v současné době dle zákonného opatření Senátu č. 340/2013 Sb., o dani z nabytí nemovitých věcí možné určit dvěma rozdílnými postupy, přičemž poplatník má možnost si vybrat, který postup zvolí.
Momentálně je při nákupu nemovitosti povinen kupující uhradit daň z nemovitých věcí ve výši 4 % z kupní ceny nebo z 75 % srovnávací daňové hodnoty s tím, že rozhodující je vyšší hodnota (pokud je vyšší kupní cena, tak se daň počítá právě z kupní ceny a pokud je vyšší 75 % srovnávací daňové hodnoty, tak je daň vypočtená z této částky). Srovnávací hodnotu je pak možné určit buďto jako cenu určenou znaleckým oceněním nebo směrnou hodnotou.
Při volbě znaleckého ocenění je postup takový, že si poplatník srovná hodnotu 75 % znaleckého ocenění a kupní ceny a z vyšší částky vypočítá daň, kterou následně v zákonném termínu odvede finančnímu úřadu.
Pokud si poplatník zvolí jako srovnávací hodnotu tzv. směrnou hodnotu (jedná se o jakousi formu tržní ceny, kterou stanovuje správce daně s přihlédnutím k cenám nemovitostí ve srovnatelném čase, místě, účelu, stavu atd.), tak postupuje tak, že do daňového přiznání uvede pouze zálohu na daň ve výši 4 % z kupní ceny a následně vyčká na výpočet směrné hodnoty finančním úřadem. V případě, kdy finanční úřad stanoví směrnou hodnotu vyšší, než je kupní cena, tak poplatníkovi doměří daň platebním výměrem s náhradní splatností.
Při volbě srovnávací hodnoty směrnou hodnotou se pak může stát, že správce daně stanoví daň podstatně vyšší, než je částka, se kterou počítá poplatník. V tomto případě však již ze znění zákona není jasné, zda se poplatník v této fázi řízení může rozhodnout změnit způsob určení srovnávací hodnoty. Na tuto problematiku nově nabízí pohled Městský soud v Praze, který ve svém rozhodnutí uvádí, že změna způsobu určení srovnávací hodnoty po vyměření daně, v tomto případě odvoláním proti platebnímu výměru, není možná, protože poplatník má možnost si směrnou hodnotu před podáním přiznání orientačně vypočítat na webových stránkách finanční správy (http://smernahodnota.financnisprava.cz). Zároveň však tento soud uvedl, že poplatník má možnost změnit své rozhodnutí týkající se způsobu určení srovnávací hodnoty až do doby vyměření daně.